反方：
第一宗罪:错误地展示野生动物片段式的“萌” 刺激非法宠物交易
萌有罪吗？有。
在电视上片面的展现野生动物的“萌”，实际上会刺激非法的宠物贸易。
台湾在上世纪八十年代时曾有过一档类似的电视节目，用了一只红毛猩猩的幼崽作为动物演员。节目反响奇好，而后，台湾的灵长类动物保育专家估计，至少有1000只红毛猩猩的幼崽因此被输入到台湾岛内变成了宠物，进入家庭或动物园，而在捕猎和运输的过程当中死亡的数量在4000只左右。
这些猩猩主要是婆罗洲猩猩，而婆罗洲猩猩的野外种群规模大概在五万到六万之间。也就是说，婆罗洲猩猩种群的十分之一，被这一档节目给干掉了。
反过来我们再看奇妙的朋友，在节目周边产品，在它的文案和宣传过程当中始终都在使用一个词：萌宠。
制作单位根本没有想要试图把这些野生动物跟宠物区分开，这事实上就是在鼓励野生动物的非法宠物贸易。
第二宗罪:错误解读动物行为
《奇妙的朋友》为自己的辩护时反复强调：我们输出了很多动物的知识。但从动物行为学这个科学的角度来看这个节目就会发现其中漏洞百出：小黑猩猩Coco被带去“认父”，而Coco的父亲大发雷霆，甚至寻找它自己手边所有可以作为武器的东西不停地投掷向Coco的方向。而Coco则非常的恐慌、害怕，甚至弄伤了工作人员。
为什么？
雄性的黑猩猩有个习性，就是杀死所有不认识的幼年黑猩猩，以便使母黑猩猩再度发情——Coco的父亲无法分辨Coco究竟是不是自己的孩子，他想杀死它。
请问节目的制作单位，以及为节目的制作单位出来背书的专家，你们是不知道这个知识呢，还是在装傻？
第三宗罪:让双方陷入危险境地
“人畜共患病”，就是人会得，动物也会得，它会在人和动物之间相互传染。许多灵长目动物跟人类的生理结构非常相似，当明星跟它们亲密接触甚至舌吻的时候，把人和动物都置于危险的境地中。更何况很多明星都被动物抓伤、咬伤。
而对动物来说，它们的处境也将导致严重的生理和心理创伤。
训练大象表演倒立，使大象全部的重量压在前脚上，对它的脊椎和关节会产生非常非常严重的伤害。
而我们还注意到，节目中出现的亚洲黑熊，它的犬齿不见了。制作单位当然可以有很多理由来辩解，但有一个不得不提的背景知识：在动物表演中，像亚洲黑熊这样的动物经常会被磨掉会拔掉犬齿。
精神伤害也是如此：幼小的黑猩猩和猩猩演员，最多能够表演到大概五六岁的样子，再大就不适合了。但五六岁以后，它们已经很难再回到自己的种群当中。一只黑猩猩的寿命是五十到六十岁，也就是说在它未来寿命的十分之九的长度当中，它们注定孤独终老。
第四宗罪:错误的传递了野生动物被保护的信息
让野生动物穿衣带帽、与人亲密互动，这样将它们人格化的节目其实传递了这样一种信息：这些动物是被置于良好的保护之下的，它们是人类的宠物、伴侣，它们没有受到威胁。但事实上呢？
第五宗罪:错误地制造“专家”辩护混淆视听
在节目播出并且收到了大量的批评之后，制作单位是怎么做的呢？他们去寻找到一些所谓的专家来为自己辩护、站台，传递了许多荒谬信息。其中有一位专家说：动物园当中的动物都是子二代，是可以被利用的。
而只要翻一翻中国的野生动物保护法，根本就没有“子二代”这个概念。
而在宣扬该机构“保育工作做得非常之好”时，又出现了另一段话：小黑猩猩在出生以后离开了自己的母亲、或是母亲死掉了，在这种情况下，我们人类才来提供“关爱”，给它穿上衣服，这是提高动物福利水平，让它更高兴。这里面就很奇怪了,动物的保育工作非常好，那这个小黑猩猩为什么出生没多久就失去了母亲呢？
正方：
《奇妙的朋友》总导演首度回应：“争议不能掩盖初衷”
在节目总导演严典雅看来，拍摄这样一档关注人与动物情感的电视节目，不仅仅只是为了彰显人与动物之间和谐的关系，让观众感受到这份令人舒适的正能量。而且也需要承担起唤起观众对保护动物的关注和讨论的责任，而这也是《奇妙的朋友》所需要承担的义务。
总导演严典雅就透露，在节目筹备过程和拍摄过程中始终都保持着与许多动物专家的联系，而节目播出之后也受到这些专家的肯定。但严典雅也表示节目播出之后也存在着一些不足，而她也不断在向这些专家寻求专业的建议，以求可行的措施对节目进行完善。而目前关于《奇妙的朋友》的相关争议，严典雅也首度作出了回应。她认为：“争议不能掩盖做节目的初衷，节目要让大家看到人跟动物能够建立感情，让人们知道要爱护它们。”像胡杏儿与海狮的告别，严典雅就表示拍摄之前就没有进行过任何预设性的情节设置，但这个画面让他们相信人与动物真的能够在短时间内建立起感情，而节目组只是负责用镜头捕捉下来而已。
而严典雅也表示：“对于节目来说，我们保有很好的初衷，我们的每一个设置都没有违反关于动物的法律法规，也没有违背动物的生活习惯。我们在拍摄中都做到了这些，所以在对动物是否有利方面，节目组是非常有信心的。”
张颐武教授谈《奇妙是朋友》：关爱动物的美好感情
《奇妙的朋友》是一个奇妙的节目，它所产生的公益的作用和它所引起的一些争议和探讨其实都契合了我们时代的一些社会主题，对于我们加深对于动物的认知和动物保护等理念的普及都有着一些积极的作用。人与动物的关系，其实从远古以来就是人类不可回避的课题。对于动物和人类的关系，通过一个大众化的节目普及动物知识，宣传并增强保护动物和物种多样性等方面的知识，通过生动活泼的方式将动物和普通人的互动形成一种有趣而生动的形式，这其实是社会和公众所需要的。节目的善意是公众都能感受得到的，一些可探讨之处也完全可以得到提升和进一步完善。
《奇妙的朋友》饲养员青姐：“它们不怕摄像机”
湖南卫视播出的《奇妙的朋友》中虽然明星云集，可动物园领导青姐却一跃成为最红明星，不少观众笑说“我每期就是看青姐来的”。在节目中，不苟言笑的青姐对待工作认真负责，对待明星不卑不亢，话不多，句句都是大实话，但一言一行中又透着老练机智、温暖体贴，充满人生智慧。
刚采访完青姐，媒体上就曝出了一些动物保护专家对这档节目的质疑，记者希望青姐就此问题再多解释一下，但节目组转达青姐的意思说：不用再多解释了，该说的基本已经说了。在青姐看来，作为饲养员对动物都有着深厚的感情，不会做出任何伤害动物的事，而她自己最喜欢的是老虎这类猛兽，以青姐风格的话说是：闻到虎尿的味道都觉得心旷神怡。