第41集
曹贵人因告发华妃罪行有功，被晋封为襄嫔。 端妃告知甄嬛后宫如政局，不可凭一己之力改变；另外还需特别防范襄嫔，也就是从前的曹贵人。 秀女大选的年份已到，未免宫中纷扰，皇帝提议推迟选秀；皇后建议不必大肆选秀，只在功臣家眷中选取四名适龄女子入宫即可，皇帝欣然接受。 新进宫的祺贵人之父与甄嬛父亲同在都察院为官，祺贵人便要求与甄嬛同住，借以博得了皇帝的关注。祺贵人在宫中与华妃狭路相逢并受了气，三番五次地向皇帝挑唆。 甄嬛发现自己宫外屡屡受到华妃宫中内监肃喜的窥探，于是设计一举捣毁华妃势力；眉庄在旁相助，推倒火烛，不惜烧伤自己，告诉皇帝是华妃指使他人纵火，欲烧死居于碎玉轩的祺贵人并加害于甄嬛。
第42集
皇帝最终下旨赐死华妃，华妃却不愿就死。甄嬛来到冷宫，替华妃送行。她亲口告诉华妃，皇帝和太后当年为了防备年氏一族势力过强，便在华妃专用的欢宜香中添加了大量麝香，致使其终身不孕，并导致甄嬛昔日流产的事实。华妃听闻真相后，绝望中撞墙而死。皇帝为示自己对华妃的厚爱，许她以贵妃名位入葬。 曹贵人得风寒无人照看，太医院奉太后密旨在其药物中下了失神之药，致其噩梦连连，不断梦见华妃来冤魂索命，最终惊惧而死，端妃获圣旨抚养温宜公主。 皇帝决定册封甄嬛为妃，陵容在一旁假装贺喜，被皇帝一同册封为嫔。
第43集
除掉华妃之后，陵容向皇后说起皇帝称甄嬛为“莞莞”一事，皇后感到甄嬛带来的威胁，心生妒意。 皇后唆使祺贵人让其父瓜尔佳鄂敏在前朝挑拨皇帝与甄父甄远道之间的关系。皇帝本性多疑，在皇后的唆使下，察觉到甄嬛爱读政要史书，内心不悦，有意疏远。 册封礼前，甄嬛发现礼服不妥，便草率地穿着内务府送来的替代礼服前往受礼现场。皇后当场指认甄嬛身上的衣服系已故纯元皇后的旧衣，皇帝更是错认甄嬛为纯元；皇帝被揭破秘密，尴尬恼怒，指责甄嬛冒犯纯元皇后，将其囚禁于碎玉轩，非召不得出。甄嬛始知自己原来一直都是纯元皇后的替身，彻底心碎。眉庄冒死奔走于皇后与太后宫中为其求情，但两宫都不愿意出面干预此事。
第44集
禁足于碎玉轩的甄嬛伤心欲绝，而此时的碎玉轩犹如冷宫一般。众人备受欺凌，甄嬛因病重晕倒。流朱为替甄嬛求医，强闯碎玉轩大门，却遭到侍卫阻拦；流朱救主心切，绝望之下扑向侍卫手中的刀刃，血流不止，侍卫不得已向皇帝报告实情。 皇帝闻讯震怒，斥责侍卫失职，命温实初速救甄嬛和流朱；流朱终因伤势过重死去。 甄嬛醒来后意外发现自己怀孕，为保腹中胎儿平安，请求皇后照顾自己身孕，承担一切后果。皇后不愿答应，太后告诫她不可一错再错，更不许她拿乌拉那拉氏家族的荣华富贵开玩笑。甄嬛得知流朱为救自己而死，悲痛万分。温实初告诉甄嬛，她所使用的舒痕胶中含有大量不易察觉的麝香，这才是导致她当年小产的根本缘由。甄嬛始知陵容恶毒。
第45集
眉庄获知甄嬛怀孕却仍被禁足，欲以探望，却因宫规森严而不能前往；她嘱咐温实初要替自己照顾好甄嬛。 大臣瓜尔佳鄂敏继续在皇帝面前谗言、诋毁甄嬛父亲甄远道，皇帝心生戒备，最终下旨将甄远道革职收监，其家眷圈禁府中，甄氏败落。太后为甄嬛腹中的龙子考虑，担心她得知家族之事身体不妥，命孙姑姑传信安抚甄嬛。陵容受皇后旨意，派新来的太监小贵子故意将甄父被大臣鄂敏告发革职入狱的消息告诉甄嬛，甄嬛一惊之下动了胎气。事成之后，陵容暗地里派人把小贵子毒死已绝后患。甄父在狱中被人投毒，生命垂危。 甄嬛带孕求见皇帝，皇帝态度冷淡；甄嬛此刻真正知道原来皇帝此前对自己的万般宠爱只因自己的容貌与纯元相似，一时之间痛心无比，受到刺激早产。
第46集
甄嬛痛苦中早产下一女，取名胧月，皇帝获知兴奋不已。甄嬛内心对皇帝绝望，自请离宫到甘露寺修行以保胧月平安。甄嬛拜托敬妃收养女儿胧月，替自己抚养女儿长大成人。甄嬛毅然离宫，眉庄、温实初为其送行。 甄嬛迁居甘露寺，法号莫愁，入寺后备受欺凌；皇后趁机安插陵容、祺嫔(原来的祺贵人)等人好生伺候皇帝，在宫中大肆扩张势力。眉庄为甄嬛的离去伤心不已。温实初因其御医的特殊身份，获准往来宫中及甘露寺两地之间，暗中保护甄嬛。 果郡王获知甄嬛出宫修行，赶来甘露寺探访，为甄嬛带来女儿胧月的画像，安慰甄嬛思女之情。甄嬛感激。
第47集
皇后携敬妃等一干嫔妃赴甘露寺进香，甄嬛躲在立柱后不愿相见。甄嬛看到眉庄时过于激动被祺嫔发现。祺嫔故意踩在甄嬛手上，迫使其因疼痛出声而暴露；甄嬛被迫以狼狈落魄之相出来见皇后等人，皇后得意之下，嘱咐祺嫔告诉寺中主持不必善待甄嬛。 眉庄回宫后求太后庇护甄嬛，并自请入住甄嬛的碎玉轩为其守宫，甘受冷落。敬妃抚养胧月尽心，却因无意间在皇帝面前为甄嬛说情遭到斥责；太后眼见皇帝此举，由女及母，担心甄嬛安危，暗中派遣芳若每月定期探望甄嬛。 甄嬛偶遇果郡王生母舒太妃，二人十分投缘。甄嬛欲撮合浣碧与王爷的侍从阿晋相好，浣碧心中早已爱上果郡王，断然拒绝了甄嬛的好意。 眉庄在宫中备受冷落，唯有温实初悉心照顾；眉庄越发爱慕温实初，却发现此人一心只挂念甄嬛一人。
第48集
果郡王多次向甄嬛暗表情意，均被回绝。 宫中虽然皇后独大，但皇帝仍旧不时牵挂甄嬛，皇后为此颇为头疼。 甘露寺众尼不容甄嬛等人，被众尼姑于病中赶出寺外。果郡王允礼获悉后带阿晋冒着大雪策马赶来相救，将甄嬛送到清凉台休息，甄嬛被彻底感动。温实初牵挂甄嬛，想尽办法前来照顾，却察觉出果郡王对甄嬛有意。甄嬛病重，允礼舍身相救，自己却染了重病；甄嬛病情稳定后找到允礼，两人的情感刚有一丝靠近时，皇帝带着敬妃、女儿胧月突然来到清凉台探望允礼；甄嬛躲在屏风后看到女儿时百感交集，断然拒绝允礼的一切好意。浣碧殷勤照顾得病的果郡王，表露爱慕之意，甄嬛病好后立即离开果郡王住处。
第49集
皇帝在铲除年氏一族及其党羽后，开始着手处置年氏同党，自己的舅舅隆科多。隆科多乃是母亲皇太后昔日的旧情人，皇帝始终认为此事让自己颜面无存，决心将其铲除。 太后虽然不同意皇帝的做法，但身为母后，她必须要保护儿子的江山社稷。为了成全儿子，不忍昔日情人被自己的儿子赐死，也为保皇族声誉，亲自密访隆科多，骗其喝下毒酒，亲手毒死爱人，但事后太后因此事伤心不已。 温实初发现甄嬛与果郡王二人相恋，深受打击。太后因隆科多一事病重卧床不起，皇帝却不予探望，只有眉庄天天在太后身边悉心照顾。
第50集
陵容在宫中少了很多对手，为讨好皇帝使尽浑身解数，导致皇帝纵欲过度高烧不退，太后知晓后大怒。 果郡王入宫侍疾，发现皇帝病中呼唤甄嬛昵称，深受触动，惶恐不安。 皇后发觉陵容已不似从前那么容易掌控，竭力用祺嫔制衡陵容。 允礼、甄嬛二人携手北游，于山中撞见一遭毒蛇咬伤中毒的男子；甄嬛机智救助了该男子，通过男子的言语及手部特征等断定此人擅长拉弓射箭，应该是位准葛尔人。男子仰慕甄嬛的聪明伶俐，对其印象深刻。 皇帝病愈后对后宫旧人失去了兴致，前往圆明园百骏园闲逛时，偶遇驯马女叶澜依，即刻被其桀骜不驯的独特气质所吸引，欲将其带回后宫。
